隨著醫療衛生事業與高科技的發展，凈化工程在醫療環境中的應用更加廣泛，對本身的凈化技術要求也更加高了。凈化工程應用于醫療的潔凈室主要分為三大類：潔凈手術室、潔凈護理病房及潔凈實驗室。

　　1．特別潔凈手術室：手術區潔凈度為百級，周邊區為千級。適用于燒傷、關節轉換、器官移植、腦外科、眼科、整形外科及心臟外科等無菌手術；

　　2．潔凈手術室：手術區潔凈度為千級，周邊區為萬級，適用于胸外科、整形外科、泌尿外科、肝膽胰外科、骨外科及取卵等無菌手術；

　　3．一般潔凈手術室：手術區潔凈度為萬級，周邊區為十萬級，適用于普通外科、皮膚科及腹外科等手術；

　　4．準潔凈手術室：空氣潔凈度為十萬級，適用于產科、肛腸外科等手術。

凈化工程的第二大分類就是潔凈護理病房。潔凈護理病房分為隔離病房與重癥監護病房。隔離病房依據生物學危險度分為P1、P2、P3、P4四個等級。重癥監護病房有ICU（重癥護理室）、CCU（心血管病人護理室）、NICU（早產兒護理室）及白血病房等等。潔凈實驗室也是凈化工程的應用之一。潔凈實驗室分為普通潔凈實驗室與生物安全實驗室。普通潔凈實驗室中進行的實驗不具有傳染性，但要求環境對實驗本身不造成不良影響，因此實驗室內不設防護設施，而潔凈度必須達到相關實驗要求。生物安全實驗室是具有一級防護設施的，可實現二級防護的生物實驗室。凡進行微生物學、生物醫學、功能實驗及基因重組等領域的科學實驗均需要生物安全實驗室。

凈化工程在醫院潔凈室不同于電子潔凈廠房與制藥潔凈廠房，它具有更高的潔凈度要求。凈化工程應用于醫院如果潔凈室裝置達不到應有的潔凈度要求，造成醫院內部的交叉感染，就會危及就診患者和醫護人員。因此應有專業的凈化工程公司來進行醫院潔凈室的設計施工，以確保每一個潔凈室的高質量。